洛克人X系列的第二部，希望将和平与“无限的可能性”带给未来；威利博士亦为了继续制造了对抗莱德博士的“Zero”。     原为古植物学家的凯恩博士，在偶然之下找到收藏“洛克人X”的小舱，并因此发展出与X具同样思考能力的“思考型机器人”。不幸地当中最强的“故障机械猎人”西格马因与ZERO交战后以人类为歼灭目标开始了反乱。