故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市。学院都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（LV0）、低能能力者（LV1）、异能力者（LV2）、强能力者（LV3）、大能力者（LV4）、超能力者（LV5）。每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次。女主角御坂美琴是就读于学园都市名门贵族女校'常盘台中学'的十四岁少女。在学园都市中只有七人的等级五超能力者排行第三。拥有操纵电击的能力，因此被称为'电击使'。本作不但通过美琴的视角来描绘学园城市的日常生活，也叙述了学园城市秘密进行地有非人道性质的关于'妹妹们'（Sisters）的实验，从而使大家对于本作及本篇魔法禁书目录的背景（世界观）的认识也慢慢变得清楚