讲述了在纽约市一条大街的地下管道里住着四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——一只来自日本的超级大老鼠。神龟们各个骁勇善战，身怀绝技，为了维护正义，保卫城市家园，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者(史莱德的部下)展开殊死搏斗……　　这四只神勇无比、所向无敌、神气十足的小乌龟，手执武士刀、武士棒、双节棍和铁尺，披挂上阵英勇迎敌，团结如兄弟，不畏邪恶与恐吓，始终与妖魔鬼怪斗争着……性格迥然的小乌龟还以知名艺术家、科学家命名(是当时老鼠老师以文艺复兴时期四位大师的名字命名的)，分别是他们的领导者达芬奇、个性沉稳的多纳泰罗、暴躁冲动却富有激情的拉斐尔和最爱搞笑的米开朗基罗。这四只大名鼎鼎的小乌龟，是动画史上最强的忍者。