《卡片召唤师DS》的主要系统由卡片和战棋规则相结合，玩家要使用事前编辑好的卡片进行召唤，用召唤出来的怪物占领地域，同时利用它们与对手的怪物作战抢占领域。召唤卡片中的怪兽，让它们去占领地图上的领域，第一个通过魔力达到目标的玩家就是胜利者。